La llegada de las arquitecturas de procesador de 64 bits en los PC modernos marcó un punto de inflexión para la emulación. En los inicios de Snes9x, cuando los ordenadores operaban principalmente en 32 bits, emular los chips auxiliares de la SNES (como el famoso chip Super FX utilizado en Star Fox o Doom ) representaba una carga considerable para la CPU. La transición hacia sistemas operativos y procesadores de 64 bits ha permitido a Snes9x aprovechar registros más amplios y una mayor cantidad de memoria direccionable. Aunque la emulación de una consola de 16 bits no requiere cantidades masivas de RAM, la eficiencia en el manejo de instrucciones de una arquitectura de 64 bits permite que la latencia se reduzca drásticamente.
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